W 1898 r. przygotował dla moskiewskiego oberpolicmajstra Dmitrija Triepowa memorandum na temat ruchu robotniczego, w którym sugerował, że policja powinna powstrzymać szerzenie się idei socjalistycznych wśród pracowników, tworząc legalne stowarzyszenia robotnicze. Sugerował, że car powinien stać się rozjemcą w konfliktach pracowników z pracodawcami, a rosyjska monarchia z czasem stać się monarchią o charakterze prospołecznym. Triepow przyjął koncepcję Zubatowa z życzliwym zainteresowaniem, podobnie jak generał-gubernator moskiewski wielki książę Sergiusz Aleksandrowicz. Pozwoliło to Zubatowowi zdobyć akceptację cara dla swoich inicjatyw. Od 1901 r. Zubatow organizował dla moskiewskich robotników wykłady popularnonaukowe, do prowadzenia których zapraszano liberalnie nastawionych profesorów. Również w 1901 r. Zubatow utworzył w Moskwie pierwsze kontrolowane przez policję towarzystwo wzajemnej pomocy dla robotników fabrycznych. Jeszcze w tym samym roku trzy związki pracownicze utworzone w ten sposób wysunęły postulaty ekonomiczne pod adresem pracodawców, zaś policja wymusiła ich spełnienie. Podobne organizacje powstały następnie w Odessie, Mińsku, Petersburgu, Wilnie i innych miastach Rosji.