Grzyby saprotroficzne biorą przede wszystkim udział w rozkładzie materiału roślinnego, którego składniki lignocelulozowe są trudne do rozkładu przez bakterie, grzyby natomiast są zdolne do rozkładu celulozy i ligniny. Wytwarzają takie enzymy jak celulazy i oksydazy polifenolowe (głównie lakaza). W zależności od posiadanych enzymów powodują białą lub brunatną zgniliznę drewna.
Wśród grzybów wielkowocnikowych, których grzybnia rozwija się w glebie wyróżnia się grzyby podziemne o owocnikach podziemnych i grzyby naziemne, których owocniki rozwijają się nad ziemią. Większość z nich to grzyby saprotroficzne lub mykoryzowe.
Grzyby mykoryzowe Są to grzyby, które w glebie z korzeniami roślin tworzą mykoryzę – współżycie mutualistyczne, czyli korzystne zarówno dla grzybów, jak i roślin. Dzięki mykoryzie grzyby będące organizmami heterotroficznymi otrzymują od roślin związki organiczne, wytwarzane przez rośliny w procesie fotosyntezy, w zamian rośliny zaopatrywane są przez strzępki grzyba w związki mineralne, głównie fosforowe i azotowe, chociaż potwierdzono również poprawę zaopatrzenia roślin w mikroelementy takie jak cynk i miedź. Grzybnia ochrania także korzenie przed szkodnikami i patogenami i zapewnia większą powierzchnię korzeni. Łączna długość strzępek w 1 g gleby z grzybami mykoryzowymi wynosi około 5 m.