Po upewnieniu się o śmierci brata Antoniego, który zginął w masowej egzekucji w powstaniu warszawskim, wyjechał do Koszalina. Zamieszkał w Karlinie. Nie skorzystał z amnestii w 1947 roku i nie ujawnił swojej działalności konspiracyjnej. Zatrzymany został w październiku 1950 roku pod zarzutem przynależności do NSZ. Trafił do aresztu w Białymstoku, gdzie był przesłuchiwany. Mimo sporządzonego aktu oskarżenia Wojskowy Sąd Rejonowy w Białymstoku umorzył sprawę w 1951 roku. Nestorowicza zwolniono 14 września 1951 roku. Powrócił do Karlina. Pracował kolejno w: Oddziale Pomiarów Rolnych Wydziału Rolnictwa i Leśnictwa Prezydium WRN w Koszalinie i Zakładzie Energetycznym w Białogardzie. Na emeryturę przeszedł w 1958 roku. Był czynny zawodowo jeszcze do wiosny 1964 roku, pracując jako geodeta.
Zmarł w szpitalu w Białogardzie 9 października 1969 roku. Został pochowany na cmentarzu na ul. Parkowej w Karlinie.
Upamiętnienie W Karlinie na domu podpułkownika odsłonięto 3 marca 2023 pamiątkową tablicę. Odnowiono również żołnierski nagrobek.