W czasie kampanii wrześniowej był dowódcą Oddziału Wydzielonego nr 1 10 DP, Armii „Łódź” złożonego z 28 pp, 10 pal bez 3 baterii, 91 kompanii czołgów TK. Po bojach osłaniających odwrót 10 DP, jego oddział został rowiązany a on przekroczył granicę węgierską i został internowany w obozie w Vámosmikola. W maju 1941 r. udało mu się uciec z niewoli i dotrzeć do Budapesztu, gdzie zamieszkał pod nazwiskiem Jan Racięski. Działał w Obozie Polski Walczącej. Był dowódcą komórki przerzutowej, w ramach której organizował m.in. przerzut marszałka Edwarda Rydza-Śmigłego do Polski był także uczestnikim jego pogrzebu. Po śmierci Rydza-Śmigłego działał w Obozie Polski Walczącej. Od 1943 był inspektorem Komendy Głównej Armii Krajowej. W sierpniu 1944 został dowódcą Korpusu Kieleckiego „Jodła”Ewa Kutyła, Najstarsze radomskie kościoły, Gmina Miasta Radomia, Radom, 2018, s. 38. W związku z rozkazem gen. Tadeusza Komorowskiego z 14 sierpnia 1944 r. o udzieleniu pomocy walczącej Warszawie, nakazał koncentrację oddziałów okręgu w rejonie Przysucha-Niekłań (krypt. „Zemsta”). 23 sierpnia, podczas odprawy dowódców podległych sobie oddziałów, podjął decyzję o przerwaniu marszu na pomoc Warszawie. W połowie stycznia 1945 r. płk Zientarski uczestniczył w odprawie z udziałem gen.