Kopalnię zaprojektował zespół pod kierownictwem ministra Jana Mitręgi, a w jej przygotowaniu brały udział również: Zakłady Konstrukcyjno-Mechaniczne Przemysłu Węglowego, Główny Instytut Górnictwa oraz Główne Biuro Studiów i Projektów Górniczych. Projekt kopalni ukończono na początku 1967 roku, a jej budowę ukończono w 1968 roku. Koszt budowy zakładu wyniósł 185 mln złotych.
Kopalnię „Jan” uruchomiono na polach górniczych Kopalni Węgla Kamiennego „Wieczorek”. Wydobycie w niej węgla kamiennego rozpoczęto 3 grudnia 1968 roku, dzień później uroczystego otwarcia dokonał Władysław Gomułka, natomiast oficjalne oddanie do użytku kopalni odbyło się 1 stycznia 1969 roku.
Nazwa kopalni została nadana prawdopodobnie na cześć ówczesnego ministra Górnictwa i Energetyki – Jana Mitręgi.
Początkowo kopalnia „Jan” wchodziła w skład Katowickiego Zjednoczenia Przemysłu Węglowego, lecz na podstawie zarządzania Ministra Górnictwa i Energetyki z 2 października 1969 roku została ona przekazana Głównemu Instytutowi Górnictwa (bądź przekazana tej instytucji 30 września tego samego roku). W 1973 roku kopalnia „Jan” została przekazana do Zakładów Konstrukcyjno-Mechanizacyjnych Przemysłu Węglowego.