W drugiej połowie lat 50. XX wieku popularność i znaczenie drużyny Dragón zaczęło stopniowo maleć po powstaniu z inicjatywy lokalnych przedsiębiorców profesjonalnego zespołu piłkarskiego pod szyldem CD Águila, innego klubu z San Miguel. Águila pozyskała czołowych piłkarzy Dragón, oferując im korzystniejsze warunki i szybko dołączyła do grona najlepszych zespołów w Salwadorze. Początkowo Dragón był uznawany za drużynę masową, zaś z Águilą sympatyzowała klasa wyższa, lecz z czasem to Águila stała się najpopularniejszym zespołem wśród mieszkańców San Miguel. W tamtym okresie obydwa kluby przeniosły się na nowo powstały Estadio Migueleño (później przemianowany na Estadio Juan Francisco Barraza). W 1964 roku Dragón spadł do drugiej ligi salwadorskiej.
W kolejnych dekadach Dragón balansował pomiędzy pierwszą i drugą ligą salwadorską. Do najwyższej klasy rozgrywkowej powrócił w 1977 roku i spędził w niej kolejne cztery lata (1977–1981). Trzeci pobyt klubu w pierwszej lidze miał miejsce w latach 1989–1991, a czwarty w latach 1995–2003. W 2013 roku Dragón po raz kolejny awansował do Primera División i niedługo potem zdobył tytuł mistrza Salwadoru (Clausura 2016), pierwszy w historii klubu od 63 lat. Dzięki temu sukcesowi drużyna zagrała w międzynarodowych rozgrywkach Ligi Mistrzów CONCACAF (odpadła w fazie grupowej).