W reprezentacji Niemiec od 1990 do 1998 roku rozegrał 51 meczów i strzelił 8 goli – mistrzostwo Europy 1996, wicemistrzostwo Europy 1992, ćwierćfinał Mistrzostw Świata 1994.
Najlepszy według France Football piłkarz roku 1996.
Kariera szkoleniowa Po zakończeniu kariery sportowej pozostał w Borussii Dortmund jako członek sztabu szkoleniowego.
W lipcu 2000 roku zastąpił Udo Lattka na stanowisku pierwszego trenera i w swoim pierwszym sezonie doprowadził zespół do trzeciego miejsca w Bundeslidze. W kolejnym z drużyną, w której barwach grali m.in. Jens Lehmann, doświadczeni obrońcy Jürgen Kohler i Christian Wörns, młody Christoph Metzelder, napastnik Márcio Amoroso oraz czeski duet Tomáš Rosický – Jan Koller, odzyskał po sześcioletniej przerwie mistrzostwo Niemiec i dotarł do finału Pucharu UEFA, w którym Borussia przegrała z Feyenoordem. Odszedł z klubu z Dortmundu po rozgrywkach 2003–04.
Szybko znalazł zatrudnienie w VfB Stuttgart, w którym pracował przez rok. Piąte miejsce na finiszu rozgrywek 2004–05, mimo iż gwarantowało grę w Pucharze UEFA, nie satysfakcjonowało władz klubu, które postanowiły rozstać się z trenerem.
Sammer przez pół roku odpoczywał od futbolu.