Fauna i flora Puszcza Piska porośnięta jest lasami sosnowymi i świerkowymi z niewielką domieszką brzozy, osiki, klonu, olchy i dębu (które można spotkać w południowej części Puszczy) rosnących na sandrowych piaskach. Szczególnie znana jest „sosna mazurska”, która porasta m.in. wschodnie brzegi Jeziora Mokrego. Osiąga ona wysokość 40 m i wiek 200 lat.
W lasach żyją m.in. jelenie, łosie, bobry, sarny, dziki, zające, lisy, głuszce, bociany, żurawie, wilki i od niedawna rysie. W dawnych czasach na obszarze Puszczy występowały: tury, niedźwiedzie i rosomaki. W Kadzidłowie na obszarze 100 ha znajduje się prywatny park dzikich zwierząt, w którym trzymane są: wilki, jelenie, daniele, łosie, tarpany, dziki, miniaturowe kozy, osiołki i bobry, także żubry i .
Obszar Puszczy Piskiej jest ostoją ptaków o randze europejskiej. Połowę obszaru puszczy obejmuje założony w 1977 r. Mazurski Park Krajobrazowy (53,6 tys. ha). Najcenniejszy rezerwat znajduje się na jeziorze Łuknajno, gdzie znajduje się ostoja łabędzia niemego. Symbolem parku jest jednak bocian biały, którego gniazda widać w wielu wioskach.