został skierowany na studia w Wyższej Szkole Lotniczej, które ukończył w listopadzie z pierwszą lokatą.
Po ukończeniu WSL otrzymał przydział do dywizjonu 300, gdzie został dowódcą eskadry. 2 lutego 1945 r. objął dowództwo nad tą jednostką. 12 lutego, po ogłoszeniu postanowień konferencji jałtańskiej, Jarkowski wziął udział w rozmowach z załogami, które odmówiły udziału w lotach bojowych. Dzięki jego staraniom wykonania nalotu na Drezno odmówiła jedynie jedna załoga dywizjonu. Kolejne problemy z odmową wykonania ataku miały miejsce 2 marca, kiedy to planowano nalot na Chemnitz. Jarkowski ponownie uspokoił emocje w dywizjonie i nad cel poleciały wszystkie załogi.
25 kwietnia poprowadził załogi dywizjonu do ostatniego lotu bojowego. Czternaście Lancasterów wzięło udział w nalocie na Berchtesgaden – alpejską posiadłość Adolfa Hitlera. Po zakończeniu II wojny światowej funkcję dowódcy dywizjonu 300 sprawował do września. Od października 1945 do lutego 1946 r. był oficerem łącznikowym w 1 Grupie Bombowej. 22 lutego powrócił na stanowisko dowódcy dywizjonu 300 i sprawował je do momentu rozwiązania tej jednostki 2 stycznia 1947 r.