Według opublikowanego przez Wojciecha Czuchnowskiego we wrześniu 2022 roku na łamach „Gazety Wyborczej” artykułu, podkomisja prezentując swój raport potraktowała wybiórczo i zmanipulowała ustalenia raportu instytutu NIAR, prezentowanego jako kluczowy dowód, podczas gdy w rzeczywistości symulacje tego raportu potwierdzają zderzenia samolotu z drzewami i urwanie końcówki skrzydła na skutek zderzenia z brzozą, a nie wybuchu, jak zaprezentowała podkomisja. W audycji TVN24 wypowiadali się eksperci, biorący udział w pracach podkomisji, twierdzący, że niewygodne dowody w raporcie zostały przemilczane albo zinterpretowane niezgodnie z treścią.
Były szef Państwowej Komisji Badania Wypadków Lotniczych Maciej Lasek skrytykował w grudniu 2022 roku raport mówiąc, że po ponad 6 latach, wydaniu 30 milionów publicznych środków, zniszczeniu drugiego Tupolewa, wartego około 70 milionów złotych, Antoni Macierewicz opublikował pseudoraport (...) z którym nie zgadza się nawet część członków podkomisji.