XV wieku, obraz Madonny z Dzieciątkiem z około 1440 roku, gotyckie cyborium i dwa krzyże relikwiarzowe.
Z epoki protestanckiej zachowały się: jeden z najstarszych w Polsce, bogato rzeźbiony prospekt organowy z 1611 roku, obraz Sąd Ostateczny z 1603 roku (dzieło warsztatu Antona Möllera z Gdańska) i chrzcielnica. Większość ołtarzy (w tym kilka przeniesionych z rozebranego kościoła dominikanów św. Mikołaja) pochodzi z XVIII wieku. Z tego samego wieku pochodzą też: ozdobny łuk tęczowy u wejścia do prezbiterium (1733 rok), ambona (1770 rok) i szereg obrazów w kaplicach bocznych (m.in. Ukrzyżowanie Bartłomieja Strobla z 1634 roku, przeniesione z dawnego klasztoru sióstr przy kościele Św. Ducha nad Wisłą). W latach 2003–2005 przeprowadzono remont ołtarza głównego z 1732–1733 roku, z obrazem Św. Jakuba Starszego. Neogotyckie witraże we wschodnich oknach prezbiterium wykonała firma Franz Binsfeld z Trewiru (1913-1914).
Według niepotwierdzonej źródłowo tradycji w latach około 1342-1345 powstać miały organy, jedne z pierwszych na Pomorzu. Przypuszczano, że mogły znajdować się na emporze w prezbiterium. Ich twórcą był franciszkanin Paweł Wenchen, późniejszy budowniczy organów w bazylice Świętego Piotra w Rzymie.