GIMP 3.0 zawiera wiele różnych narzędzi służących do zaznaczenia, wśród których podstawowymi są zaznaczenie prostokątne i eliptyczne. Funkcja zaznaczania odręcznego wymaga od użytkownika narysowania obszaru zaznaczenia, a opcje takie jak różdżka (zaznacza zamknięty obszar o tym samym kolorze), inteligentne nożyce (zaznacza obszar po wybranych krawędziach), zaznaczenie pierwszego planu, czy zaznaczenie według koloru działają automatycznie. GIMP wspiera również tryb szybkiej maski, koloryzujący na czerwono obszar roboczy i pozwalający odznaczyć za pomocą m.in. pędzla niechciane elementy.
Program zawiera również kilka narzędzi służących do przekształceń. Kadrowanie to przekształcenie, które umożliwia zmniejszenie obszaru roboczego do wymaganego rozmiaru czy proporcji. Uniwersalne przekształcenie pozwala dokonywać dowolnych zmian takich jak obrót, skalowanie, nachylenie (opcje te są również osobnymi narzędziami). Program ma również osobne opcje do odbić, perspektywy, punktowych odkształceń, czy przekształceń w trójwymiarze. Przekształcenie za pomocą uchwytów pozwala na wybór 4 punktów i przesuwaniu ich oraz obrazu w celu uzyskania efektu.