20 grudnia 1936 roku Alfons Schletz przyjął święcenia kapłańskie w kościele na Stradomiu z rąk ks. bpa Stanisława Rosponda. W 1937 roku rozpoczął pracę we Lwowie jako wikariusz parafii św. Wincentego a Paulo przy kościele św. Zofii, kapelan Szpitala Powszechnego i Klinik Uniwersyteckich. Podjął studia z historii Kościoła i historii powszechnej w Uniwersytecie Jana Kazimierza. W roku 1938 uzyskał stopień magistra teologii pod kierunkiem ks. prof. Józefa Umińskiego, za pracę: „Działalność wizytatorska księdza Józefa Jakubowskiego w latach 1796–1814”. W tym także czasie ukończył studia historyczne pod kierunkiem profesora Stanisława Łempickiego, uzyskując stopień doktora filozofii za pracę: „Józef Jakubowski, żołnierz i kapłan (1743-1814)”. W 1942 r. założył żeńską grupę Sodalicji Mariańskiej. Prowadził tajne nauczanie i działalność kulturalno-oświatową w warunkach konspiracyjnych.