Lokalizacja w pobliżu rzeki Fyrisån nie była idealna z punktu widzenia upraw (teren był bagnisty), a ponadto ogród nie mógł się tu rozwijać przestrzennie. W 1787 Carl Peter Thunberg (uczeń i następca Linneusza), namówił króla Gustawa III do podarowania uniwersytetowi ogrodu zamkowego w Uppsali z przeznaczeniem na nowy ogród botaniczny. Ogród zamkowy był ogrodem barokowym zaprojektowanym w 1750 przez architekta Carla Hårlemanna. Król przekazał również środki finansowe, za które wzniesiono budynek oranżerii. Cały materiał roślinny przeniesiono ze starego ogrodu, który następnie znowu popadł w zaniedbanie.
Obecnie, po kilkukrotnym powiększeniu, ogród botaniczny przy zamku ma powierzchnię prawie czternastu hektarów. Uprawia się około 11 tys. gatunków i odmian roślin z całego świata. Posiada oranżerię i szklarnię tropikalną z około 4 tys. gatunków z cieplejszych stref klimatycznych. Stary Ogród Linneusza odrestaurowano według planu z lat 50. XVIII wieku. Mieści się tu również oranżeria. Najstarszymi uprawianymi roślinami jest wawrzyn Linneusza (cztery drzewa liczące po 250 lat).