Mus mayori został w 1942 roku uznany przez Johna Ellermana za jedynego członka Coelomys, jednak analizy oparte na danych morfologicznych i genetycznych wykazały, że Coelomys stanowi większy klad, który obejmuje również M. crociduroides, M. pahari i M. vulcani, jednak przynależność M. mayori do Coelomys jest niepewna. Populacje nizinne były wcześniej traktowane jako podgatunek pococki, ale późniejsze badania nie wykazały żadnych znaczących różnic w ubarwieniu i teksturze futra uzasadniających rozróżnienie między mayori a pococki. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World uznają ten gatunek za monotypowy.
Etymologia Mus: , muris ‘mysz’, od mus, μυoς muos ‘mysz’. mayori: mjr. E.W. Mayor (daty urodzenia i śmierci nieznane), zebrał okaz typowy.
Zasięg występowania Mysz dżunglowa występuje w rozproszonych populacjach w środkowej i południowo-zachodniej Sri Lance (Prowincja Środkowa, Prowincja Północno-Zachodnia, Prowincja Południowa, Prowincja Zachodnia i Prowincja Uwa).