ramię prezbiterialne świątyni wtopione w zabudowania klasztorne (rozplanowane w czworobok z wewnętrznym dziedzińcem), zawiera nie tylko ołtarz główny ale także chór zakonny. Plan zabudowań klasztornych uwzględnia rozplanowanie szeregu pomieszczeń, ukazując m.in.: dwie zakrystie zewnętrzną i wewnętrzną z kołem obrotowym, a także długi korytarz prowadzący do pałacu Kotowskich. Wnętrze zostało rozczłonkowane pilastrami jońskimi, ujmującymi wielkie arkady (cztery ślepe i cztery otwierające się do ramion krzyża). Prezbiterium z wolnostojącym ołtarzem głównym, zamknięte ścianą z arkadą i oknem, ujęte korytarzami, prowadzącymi do pomieszczeń klasztornych.
Sytuacja po zmianie planów i częściowej przebudowie W wyniku poszerzenia ramion krzyża świątyni, rzut jej oraz dyspozycja wnętrza uległy przekształceniu; liczba ołtarzy z pięciu zredukowana została do trzech. Zabudowania klasztorne uległy częściowemu przeorientowaniu w kierunku poprzecznym w stosunku do pierwotnego osiowego założenia, powodując powiększenie wewnętrznego dziedzińca i odmienny układ pomieszczeń.