Top League 2006/2007 – czwarta edycja Top League, najwyższego poziomu rozgrywek w rugby union w Japonii. Organizowane przez Japan Rugby Football Union zawody odbyły się w dniach 1 września 2006 – 4 lutego 2007 roku, a tytułu bronił zespół Toshiba Brave Lupus.
Zawody zostały rozegrane systemem kołowym w ramach jednej grupy w rozszerzonej do czternastu zespołów obsadzie. Drugą fazę rozgrywek wyłaniającą mistrza kraju stanowiła inkorporowany do zawodów Microsoft Cup. Zarówno fazę zasadniczą, jak i finał play-off zwyciężyła została drużyna Toshiba Brave Lupus. Najwięcej punktów w zawodach zdobył Ryan Nicholas reprezentujący zespół Suntory, a w klasyfikacji przyłożeń zwyciężył zawodnik Sanyo Tomoki Kitagawa. Za MVP sezonu został uznany Teppei Tomioka, analogiczne wyróżnienie w Microsoft Cup otrzymał Luatangi Vatuvei.