Obecny instrument Instrument, który znajduje się obecnie w bazylice św. Elżbiety, zainaugurowano 27 stycznia 2022 r. Jest on wierną rekonstrukcją organów Michaela Englera Młodszego w ich oryginalnym kształcie. Inicjatywą odbudowy organów zainteresowane były władze miejskie, które zadeklarowały pełne sfinansowanie rekonstrukcji. Kwota, którą wydzielono z budżetu na ten cel, wyniosła 20 mln zł. Na mocy przetargu z 15 grudnia 2017 r. wyłoniono konsorcjum trzech firm – niemieckiej Orgelbau Klais Bonn Johannes Klais Orgelabau GmbH & Co. KG (lider konsorcjum), belgijskiej Manufacutre d’Orgues Thomas (partner konsorcjum) oraz polskiej Zych Zakłady Organowe Dariusz Zych (partner konsorcjum), które zobowiązane zostało do wykonania nowego instrumentu.
Zrekonstruowany instrument ma 54 głosy rozłożone na trzy manuały i klawiaturę nożną. Odtworzono także dwa głosy specjalne – Paucken i Glockenspiel 8 Fuβ. Do urządzeń pomocniczych zaliczyć można tzw. Calcanten-Glöcklein oraz odsłaniane za pomocą wyciągu przy registrach lustro odbijające widok ołtarza. Działanie organów oparto na trakturze mechanicznej (zarówno traktura gry, jak i rejestrów). Prospekt wyposażono w 22 złocone figury z przedstawieniami postaci ludzkich, aniołów, putt. Odtworzono wszystkie elementy dekoracji snycerskich – girlandy, kotary, promienistą glorię.