W skład ministerstwa wchodzi Gabinet Polityczny Ministra oraz następujące jednostki organizacyjne Departament Ekonomiczny Departament Funduszy Strukturalnych Departament Informacji i Promocji Departament Kształcenia Ogólnego Departament Podręczników, Programów i Innowacji Departament Prawny Departament Strategii, Kwalifikacji i Kształcenia Zawodowego Departament Współpracy Międzynarodowej Departament Współpracy z Samorządem Terytorialnym Departament Wychowania i Kształcenia Integracyjnego Biuro Administracyjne Biuro Kontroli Biuro Organizacyjne Samodzielne Stanowisko do spraw Audytu Wewnętrznego.
Jednostki organizacyjne podległe ministrowi: Centralna Komisja Egzaminacyjna z siedzibą w Warszawie Centrum Informatyczne Edukacji z siedzibą w Warszawie Ośrodek Rozwoju Edukacji w Warszawie Ośrodek Rozwoju Polskiej Edukacji za Granicą z siedzibą w Warszawie
Jednostki organizacyjne nadzorowane przez ministra: Instytut Badań Edukacyjnych z siedzibą w Warszawie
Jednostki organizacyjne nadzorowane przez ministra wspólnie z innymi organami: Centrum Nauki Kopernik z siedzibą w Warszawie