Ministerstwo zostało zlikwidowane na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 17 grudnia 2020 r. w sprawie utworzenia Ministerstwa Edukacji i Nauki oraz zniesienia Ministerstwa Edukacji Narodowej i Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, a w jego miejsce od 1 stycznia 2021 zostało utworzone Ministerstwo Edukacji i NaukiRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 17 grudnia 2020 r. w sprawie utworzenia Ministerstwa Edukacji i Nauki oraz zniesienia Ministerstwa Edukacji Narodowej i Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego ().
Siedziba Siedzibą Ministerstwa jest gmach Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego w Warszawie. Budynek wybudowany w latach 1925–1930 według projektu profesora Zdzisława Mączeńskiego dla ówczesnego Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego.
Mauzoleum Walki i Męczeństwa w Warszawie Muzeum mieści się w dawnej siedzibie Gestapo w alei Jana Chrystiana Szucha 25 i jest filią Muzeum Więzienia Pawiak będącego oddziałem Muzeum NiepodległościPoczątki Mauzoleum.