W sezonie 2003/2004 zdobył z drużyną The Blues wicemistrzostwo Anglii oraz dotarł do półfinału Ligi Mistrzów, w którym drużyna The Blues przegrała rywalizację z rewelacją tych rozgrywek – z występującym we francuskim Ligue 1 AS Monaco (1:3, 2:2).
Na początku sezonu 2004/2005 Mutu miał trudną relację z nowym trenerem drużyny The Blues – José Mourinho, z którym nawzajem oskarżał się o kłamstwo dotyczące kontuzji Mutu w meczu eliminacyjnym mistrzostw świata 2006 z reprezentacją Czech (0:1), rozegranym 6 października 2004 roku na Toyota Arenie w PradzeMutu hits out at Mourinho [data dostępu: 2004-10-06] . Wkrótce po wykryciu w organizmie Mutu niedozwolonego środka dopingującego (kokaina), zawodnik został zdyskwalifikowany na okres 7 miesięcyFiorentina's Adrian Mutu given nine-month ban for second failed drugs test [data dostępu: 2010-04-19] .