Przerzut 2 grudnia 1944 r. skończył się fiaskiem, jedna z koleżanek, Melania Kozłowska ps. „Wisła”, została zastrzelona, Skarzyńska zaś z pozostałymi aresztowana przez żołnierzy Wojska Polskiego – co było to dla nich dużym szczęściem, ponieważ zatrzymywani przez żołnierzy radzieckich byli rozstrzeliwani na miejscuINP BU 0363/514 t. 1. mały|Ankieta aresztowanej Aliny Skarzyńskiej mały|Wyrok skazujący Alinę Skarzyńską mały|Odmowa skorzystania z Prawa Łaski w sprawie Aliny Skarzyńskiej z własnoręcznym podpisem Bolesława Bieruta
Proces i więzienie Natychmiast po aresztowaniu zostało rozpoczęte brutalne przesłuchanie z zarzutem szpiegostwa na rzecz nazistowskich Niemiec – wyjątkowo dotkliwym dla działaczki polskiego ruchu oporu. Śledztwo prowadził radziecki oficer NKWD i tłumacz.
Skarzyńska została przeniesiona do Więzienia Specjalnego na Zamku Lubelskim (podczas transportu rozstrzelano kilkunastu współwięźniów). Po wielogodzinnych brutalnych przesłuchaniach prowadzonych przez starszego śledczego Głównego Zarządu Informacji Wojska Polskiego kapitana Władysława Czerniawskiego, podpisała protokoły przesłuchań. W grudniu 1945 r., spędziła pierwsze Święta Bożego Narodzenia poza domem – w więzieniu.