Dzięki korzystnej koniunkturze gospodarczej spłacił zagraniczne zadłużenie republiki. On i jego rodzina pozostali głównymi beneficjentami rozwoju gospodarczego kontrolując 75% majątku narodowego.
W 1938 ustąpił formalnie z urzędu. Do 1942, kiedy to powrócił na stanowisko sprawował praktyczną władzę poprzez podstawionych przez siebie polityków. W 1946 reżim zmasakrował strajkujących związkowców. W 1952 ponownie zrezygnował z urzędu na rzecz młodszego brata Héctora. W 1960 przeprowadził nieudany zamach na życie wenezuelskiego prezydenta Rómulo Betancourta. Akcja została potępiona przez społeczność międzynarodową i sprowadziła na kraj sankcje ekonomiczne. Po ich ogłoszeniu zmusił do ustąpienia Héctora ze stanowiska, a na jego następcę wyznaczył Joaquína Balaguera. Po tych wydarzeniach Amerykanie zrozumieli, że dyktatorskie rządy Trujillo mogą wywołać w kraju rewolucję w kubańskim wykonaniu i zdecydowali się go zlikwidować. 30 maja 1961 dyktator zginął w zamachu zorganizowanym przez generała Pupo Romána. Zabójstwo zlecił amerykański konsulat. W chwili śmierci prywatny majątek Trujillo zdobyty poprzez korupcję i kleptokratyczną formułę rządów przekraczał 500 milionów dolarów. Dyktator na prośbę rodziny został pochowany na paryskim cmentarzu Père-Lachaise.