Studia rozpoczął na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego na kierunku biologicznym. Zainteresowania botaniką rozwijały się u niego już w czasie nauki w gimnazjum w Gorlicach, zbierał rośliny, robił zielniki na lekcje biologii (historia naturalna). W gimnazjum w Gorlicach jego nauczycielem biologii był Feliks MieszkowskiMieszkowski Feliks, nauczyciel biologii (cyt. „zawiadowca zbiorów przyrodniczych, uczył historyi naturalnej”). Motyka opisywał rośliny ze swoich zielników na podstawie Przewodnika do oznaczania roślin w Polsce dziko rosnących Józefa Rostafińskiego. Studia ukończył w 1924, pracę naukową kontynuował na Uniwersytecie Jagiellońskim, będąc asystentem profesora Stanisława Sokołowskiego w Zakładzie Encyklopedii Leśnictwa. W czasie studiów uczęszczał na zajęcia i wykłady z botaniki, gdzie wykładowcą był prof. Władysław Szafer. Szafer skierował jego zainteresowanie w kierunku badania porostów. Ponadto został członkiem Komisji fizjograficznej Polskiej Akademii Umiejętności. Motyka, pracując jako asystent prowadził także badania botaniczne w Polsce, poszukując nitrofilnych porostów w Tatrach, Górach Świętokrzyskich i Beskidzie Sądeckim. W 1925 uzyskał doktorat na podstawie rozprawy Gatunek nitrofilnych porostów występujących w Tatrach.