Swoje opracowanie opublikował za własne pieniądze w języku łacińskim, aby z jego badań naukowych mogli korzystać także botanicy z innych krajów.
W czasie okupacji sowieckiej we Lwowie Motyka pracował nadal w Ogrodzie Botanicznym, prowadził wykłady i ćwiczenia dla studentów sowieckiego wydziały geograficznego, prowadził także swoje badania naukowe. W czasie okupacji niemieckiej Lwowa Motyka zatrudniał w prowadzonym przez siebie ogrodzie ukrywających się Żydów, m.in. Stanisława Lema z narzeczoną. W 1944 wyjechał ze swoją rodziną do Kąclowej. Po wyzwoleniu Grybowa przez Armię Czerwoną w 1945 pracował jako nauczyciel biologii w Gimnazjum w Grybowie.
Okres powojenny W październiku 1945 powołano na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej na Wydziale Przyrodniczym w Lublinie Katedrę Systematyki i Geografii Roślin, na stanowisko kierownika zakładu powołano Józefa Motykę. W 1946 został mianowany został profesorem. Począwszy od 1946 zainicjował gromadzenie zbiorów zielnikowych osób pracujących naukowo w Katedrze Systematyki i Geografii Roślin w Lublinie, zbiory te były początkiem utworzenia Zielnika Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. W 1956 za namową botanika Władysława Szafera, wydał 4 tomy flory porostów obejmujące rodziny: Cladoniaceae, Parmeliaceae, Thelocarpaceae, Umbilicariaceae i Eusneaceae.