Stosowną umowę podpisano w 1553, a w niej postanowiono również, że w okolicy Strumienia i Zarzecza na Wiśle będzie istnieć zawsze zapora (śluza). W latach 1573/1577-1594 Zarzecze znalazło się w granicach wydzielonego z Księstwa Cieszyńskiego skoczowsko-strumieńskiego państwa stanowego. W 1594 Zarzecze podzielone wówczas na Zarzecze Górne i Dolne stało się ponownie własnością księcia cieszyńskiego.
W ciągu następnych stuleci ludność Zarzecza była kilkukrotnie przetrzebiana, w 1625 w wyniku pomoru, zarazy i głodu, kiedy chleb musiał być wypiekany z żołędzi, trocin i słomy, zaś po najeździe szwedzkim w tym samym roku wybuchła epidemia tyfusu, a w 1740 cholery. W 1742 przez Zarzecze wzdłuż rzeki Starej Wisły przebiegła nowa prusko-austriacka granica państwowa. W 1787 cieszyński dziekan i biskup ks. Alojzy Loehn poświęcił kamień węgielny pod budowę szkoły i kościoła pw. Matki Bożej Śnieżnej, oddanego do użytku w 1789. Kolejny pomór przyszedł w 1831 wraz z wracającymi z powstania listopadowego wojskami rosyjskimi przynoszącymi z sobą choroby tropikalne, z którymi poradziły sobie dopiero wielkie 40-stopniowe mrozy. W 1855 Zarzeczanie pracowali przy budowie kolei Kraków – Wiedeń.