Od jesieni 1939 r. do kwietnia 1940 r. był przetrzymywany w obozie specjalnym NKWD w Kozielsku. Z Kozielska wysłał dwie wiadomości do rodziny: list z grudnia 1939 r. i kartkę pocztową napisaną 6 marca 1940 r. Według listy sporządzonej przez NKWD, został wywieziony z obozu kozielskiego 27 kwietnia 1940 rokuMiD WIH, L.W. 052/4 z 27 IV 1940; (Lista wywozowa z obozu w Kozielsku, NKWD, z dnia 27.04.1940 r. Nr 052/4, s. 585, poz. 27, nr teczki 3489.).. Został zamordowany prawdopodobnie 30 kwietnia 1940 r. w lesie katyńskimZabici w Katyniu: alfabetyczny spis 4415 jeńców polskich z Kozielska zabitych w kwietniu-maju 1940, według źródeł sowieckich, polskich i niemieckich / oprac. danych, red. i koordynacja całości Aleksander Gurjanow (NIPC „Memoriał”), Anna Dzienkiewicz (Ośrodek KARTA), s. 802.. Pogrzebano go w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. Czesław Jan Ciesielski jest wymieniony pod nr 3826 na liście osób zidentyfikowanych podczas ekshumacji przeprowadzonych przez Niemców i Międzynarodowy Czerwony Krzyż. Pierwszą wiadomość o tym fakcie podał dziennik Nowy Kurier Warszawski z dnia 27 lipca 1943 r., w którym napisano, że przy jego ciele znaleziono: książeczkę st. sł.