Porównanie prawdopodobieństw pojawiania się neutrin i antyneutrin elektronowych (Pνμ→νe i Pμ→e) pozwala zmierzyć fazę δCP. Zakres δCP wynosi od -π do π (od -180° do 180°), a 0 i ±π odpowiadają zachowaniu symetrii CP. Oczekuje się, że po 10 latach zbierania danych HK potwierdzi na poziomie ufności 5σ lub więcej, czy symetria CP jest naruszana w oscylacjach neutrin dla 57% możliwych wartości δCP. Naruszenie symetrii CP jest jednym z warunków niezbędnych do wytworzenia nadmiaru materii nad antymaterią we wczesnym Wszechświecie, który to nadmiar obecnie tworzy nasz zbudowany z materii Wszechświat. Neutrina akceleratorowe zostaną również wykorzystane do zwiększenia precyzji innych parametrów oscylacyjnych |∆m232|, θ23 i θ13, a także do badań oddziaływań neutrin.
Aby określić hierarchię mas neutrin (czy stan własny masy ν3 jest lżejszy czy cięższy od stanów masowych ν1 i ν2), lub równoważnie nieznany znak parametru ∆m232, oscylacje neutrin muszą być obserwowane w materii (tzw. efekt materii, ang. matter effect). W przypadku wiązki neutrin z ośrodka J-PARC, odległość przebywana przez neutrina w materii (295 km) jest na tyle krótka, że efekt materii jest niewielki.