Geoneutrina powstają w wyniku rozpadów radionuklidów wewnątrz Ziemi. Badania geoneutrin w Hyper-Kamiokande pomogą ocenić skład chemiczny jądra Ziemi, który jest związany z generowaniem pola geomagnetycznego.
Rozpad protonu Rozpad swobodnego protonu na lżejsze cząstki subatomowe jeszcze nigdy nie został zaobserwowany, ale jest on przewidywany przez niektóre teorie wielkiej unifikacji (GUT, ang. grand unified theories) i wynika z łamania prawa zachowania liczby barionowej (B). Niezachowanie B to jeden z warunków niezbędnych do wyjaśnienia przewagi materii nad antymaterią we Wszechświecie. Główne kanały badane przez HK to preferowany przez wiele modeli GUT i przewidywany przez teorie zawierające supersymetrię. Po dziesięciu latach zbierania danych oczekuje się, że (w razie braku obserwacji rozpadu) HK zwiększy dolną granicę średniego czasu życia protonu z do lat dla swojego najbardziej czułego kanału rozpadu () i z do lat dla kanału .