W roku 1225 Pasawa otrzymała prawa miejskie. W latach 1298 oraz 1367/68 doszło do powstań mieszczan przeciw władzy biskupiej. Domagali się oni ustanowienia samorządu miejskiego podobnego do samorządu miast koronnych. Obydwa powstania zostały stłumione; podczas drugiego biskup nadużył władzy kościelnej rzucając na buntowników klątwę, tak iż dla dwustu poległych wówczas mieszczan utworzono nowy cmentarz z niepoświęconą ziemią. Ostatecznie mieszczanie wywalczyli jedynie radę miejską o ograniczonych kompetencjach z członkami nie wybieranymi, lecz mianowanymi przez biskupa. Mimo tych napięć miasto osiągnęło znaczący dobrobyt. Prosperity to zawdzięczało korzystnemu położeniu państewka biskupiego pomiędzy Bawarią, Austrią i Czechami na styku trzech dróg wodnych. Dzięki temu kwitł handel – przede wszystkim alpejską solą, ale również czeskim zbożem i słodem oraz austriackim winem. Na przełomie XV i XVI wieku Pasawa była ośrodkiem handlowym o znaczeniu europejskim, a przechodzące przez nią produkty docierały aż do Węgier. Transportowano je głównie drogą wodną, również pod prąd Dunaju łącząc łodzie w zespoły ciągnięte przez 30 koni.