Aldona Pobojewska dużą część swojej kariery naukowej poświęciła edukacji filozoficznej. Zainspirowana programem Matthew Lipmana Filozofia dla dzieci zaproponowała jego modyfikację, tzw. warsztaty z dociekań filozoficznych. Od 1993 stosuje je w pracy dydaktycznej z różnymi grupami wiekowymi: uczniami szkoły podstawowej i liceum, ze studentami, nauczycielami i słuchaczami uniwersytetu trzeciego wieku. Obecnie prezes Stowarzyszenia Edukacji Filozoficznej „Phronesis”, którego celem jest propagowanie idei dociekań filozoficznych. Od 2017 zasiada w komisji rewizyjnej Societas Humboldtiana Polonorum.
Jest autorką wielu prac naukowych, drukowanych w naukowych czasopismach polskich oraz niemieckich, a także kilkunastu tłumaczeń tekstów filozoficznych z języka niemieckiego. Rzeczoznawca MEN ds. szkolnych podręczników filozofii i etyki.
Nagrody i odznaczenia Aldona Pobojewska jest laureatką wielu wyróżnień i nagród, m.in.:
Nagrody Rektora UŁ indywidualna, naukowa II stopnia za książkę: Biologia i poznanie.