Zespół z Brazylijczykiem dokonał historycznego osiągnięcia, ponieważ dotarł on do ćwierćfinałów Ligi Mistrzów.
11 stycznia 2007 roku klub ze stolicy Turcji został oficjalnie zaproszony do G-14 – organizacji zrzeszające najbogatsze europejskie kluby piłkarskie, w celu reprezentowania ich interesów w negocjacjach z UEFA oraz FIFA. Fenerbahçe dostąpiło tego zaszczytu jako jedyny turecki klub. W marcu 2008 roku Komisja Rekordów Guinnessa zaakceptowała aplikację klubu i w ten sposób klub ten stał się rekordzistą, jeżeli chodzi o liczbę medali i trofeów (zdobyte przez wszystkie 9 sekcji) – dokładniej 1134. W 2008 roku nowym trenerem klubu został znany z sukcesów Hiszpan Luis Aragonés. W letnim okienku transferowym sprowadził on swojego rodaka Daniela Güize. Pod wodzą Aragonésa zespół jednak nic nie osiągnął i trener ten szybko rozstał się z tureckim klubem. Na stanowisko trenera powrócił Christoph Daum, ale i jemu nie udało się poprowadzić drużyny do żadnego tytułu.