Środowisko przyrodnicze Rzeźbę terenu tworzą głównie gliniaste połacie wysoczyzn morenowych, miejscami pojawiają się piaszczysto-żwirowe pola równin sandrowych. Występują wzniesienia moren czołowych, pagórki kemowe i wały ozowe. Wklęsłe formy terenu są reprezentowane przez rynny polodowcowe i zagłębienia wytopiskowe. W pokrywie glebowej swój udział zaznaczają przede wszystkim utwory płowe i brunatne, rzadziej rdzawe. Pod względem użytkowania ziemi region ma charakter zdecydowanie rolniczy, lasów jest niewiele.
Głównymi rzekami Pojezierza Południowokrajeńskiego są Łobżonka i Rokitka, a wśród jezior wyróżniają się: Sławianowskie (największy akwen regionu o areale 2,7 km²), Borówno, Więcborskie, Stryjewo, Zaleskie, Witosławskie, Słupowskie. W celu ochrony lokalnej przyrody utworzono Krajeński Park Krajobrazowy, funkcjonuje także kilka obszarów Natura 2000 oraz rezerwatów (m.in. Uroczysko Jary, Czarci Staw, Dęby Krajeńskie, Lutowo, Gaj Krajeński).