W mediach natomiast generał Czesław Kiszczak sugerował, że zabójstwa dokonano przy pomocy księdza ZychaZbigniew Branach, Tajemnica śmierci księdza Zycha.Agencja Reporterska CETERA Bydgoszcz 1994, s.36,37,51.. Przetrzymywany był w ciężkich warunkach. W areszcie był poniżany i upokarzany, wielokrotnie grożono mu pewną śmiercią po wyjściu na wolność. W mokotowskim więzieniu dzielił jedną celę z Leszkiem MoczulskimZbigniew Branach, Tajemnica śmierci księdza Zycha.Agencja Reporterska CETERA Bydgoszcz 1994, s. 38., któremu opowiadał o groźbach ze strony nieznanych mu funkcjonariuszy MSW. Informacje te Moczulski przekazał swemu obrońcy, mec. Edwardowi WendeZbigniew Branach, Księża niezłomni • Ostatni akord nieznanych sprawców, Wiara 6/2007.. W wyniku pobytu w areszcie bardzo pogorszył się jego stan zdrowia. Został zwolniony z więzienia w 1986.
Po wyjściu z więzienia ksiądz Zych twierdził, że był śledzony przez służbę bezpieczeństwa. Często otrzymywał anonimy z groźbami śmierci oraz telefony z wyzwiskami. Do Antoniego Grabarczyka powiedział nawet Czuję, że nie pożyję już długoZbigniew Branach, Tajemnica śmierci księdza Zycha.Agencja Reporterska CETERA Bydgoszcz 1994, s. 54.. Kilka razy został pobity przez nieznanych sprawców.