Obecnie jest kierownikiem Oddziału Klinicznego Chirurgii Ogólnej w 109 Szpitalu Wojskowym.
Praca naukowo-dydaktyczna Profesor Andrzej Modrzejewski opublikował ponad 120 prac naukowych, w tym pierwszą w Polsce monografię o cholecystektomii laparoskopowej, wygłosił 100 referatów na zjazdach, sympozjach i posiedzeniach naukowychProf. dr hab. n. med. Andrzej Modrzejewski w witrynie Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego w Szczecinie (dostęp 19.03.2024)Baza publikacji ORCID (dostęp 19.03.2024). Jest współautorem patentu „Narzędzie do wydobywania organów z jamy brzusznej podczas operacji laparoskopowych”. Szkolił chirurgów w zakresie techniki laparoskopowej poprzez operacje pokazowe na oddziałach i podczas warsztatów laparoskopowych, upowszechniając tę nową technikę chirurgiczną. Profesor wypromował 12 doktorów nauk medycznych.
Profesor Modrzejewski od 1989 jest członkiem Berliner Chirurgische Gesellschaft (Berlińskie Towarzystwo Chirurgów).