Środowisko przyrodnicze W ukształtowaniu terenu zaznaczają się przede wszystkim faliste wysoczyzny morenowe zbudowane z glin zwałowych, z pokrywą gleb brunatnych i płowych wykorzystywanych rolniczo. Lesistość regionu wynosi ok. 25%. Urozmaicenie rzeźby stanowią rynny polodowcowe z jeziorami oraz wzniesienia moren czołowych, z najwyższą kulminacją osiągającą 222 m n.p.m.
Region odwadniany jest przez Kamionkę, Czernicę, Szczyrę i Chrząstowę. Największe jeziora to Szczytno Wielkie (6,1 km²) i Krępsko (3,8 km²). Pod względem ochrony środowiska naturalnego zachodzą tutaj zasięgi Krajeńskiego oraz Zaborskiego Parku Krajobrazowego, funkcjonują też obszary Natura 2000 chroniące doliny rzeczne: Czerwona Woda pod Babilonem, Dolina Debrzynki, Dolina Łobżonki, Dolina Szczyry.
Różnice w podziałach geograficznych W regionalizacji fizycznogeograficznej Polski opracowanej według Jerzego Kondrackiego, Pojezierze Krajeńskie było rozległym mezoregionem o powierzchni ponad 4000 km². W wieloautorskiej regionalizacji z 2018 roku, z uwagi na zróżnicowanie hipsometryczne i geomorfologiczne, zamiast Pojezierza Krajeńskiego wydzielono dwa nowe, odrębne mezoregiony – Pojezierze Północnokrajeńskie i Pojezierze Południowokrajeńskie. Część północną charakteryzują wyżej wyniesione wysoczyzny (160–170 m n.p.m.