Za całokształt działalności Zjednoczenia Przemysłu Cukrowniczego odpowiedzialny był dyrektor, który reprezentował je na zewnątrz i kierował nim zgodnie z zasadą jednoosobowego kierownictwa. Dyrektora ZPC powoływał i odwoływał minister przemysłu spożywczego i skupu. Również minister powoływał i odwoływał na w niosek dyrektora Zjednoczenia jego zastępców oraz głównego księgowego ZPC i dyrektorów okręgów. Dodać należy, że stanowisko dyrektora ZPC należało do tzw. nomenklaturowanych, w związku z czym każdorazowa decyzja w tej sprawie musiała uzyskać wcześniej aprobatę czynnika politycznego. Na ogół jednak przeważały kryteria merytoryczne, dzięki czemu ZPC kierowali ludzie kompetentni, cieszący się autorytetem w środowisku cukrowników. Funkcję dyrektora Zjednoczenia Przemysłu Cukrowniczego kolejno – w latach 1959–1982 – pełnili: Czesław Sobieszak, Jan Leszczyński, Alfred Zodrow, Marian Dębogórski, Wiesław Góralczyk, Antoni Kuźba i Tadeusz Piasecki.
Drugim po dyrektorze organem statutowym ZPC było kolegium, któremu z urzędu przewodniczył dyrektor Zjednoczenia. W kolegium zasiadali członkowie stali i niestali.