Największy sukces Illusion Software przyniosła Mafia (2002) w reżyserii Daniela Vávry, utrzymana w konwencji Ojca chrzestnego i Chłopców z ferajny opowieść o skruszonym amerykańskim gangsterze i jego drodze po szczeblach przestępczej kariery we włoskiej mafii. Równie wysoko ceniona była kolejna gra gangsterska Vávry, Mafia II (2010)Kolejna część serii, Mafia III (2016), została oddana amerykańskiemu studiu Hangar 13, zob. .
W latach 90. wyłoniła się również inna spółka produkująca gry czeskie, Bohemia Interactive. Założona w 1999 roku Bohemia zdobyła sławę dzięki taktycznej strzelance i symulacji pola bitwy, Operation Flashpoint: Cold War Crisis (2001). Po przejęciu praw do marki przez Codemasters Bohemia rozpoczęła nową serię wydawniczą grą Arma (2006), która doczekała się równie dobrze przyjętych kontynuacji Arma 2 (2009) i Arma 3 (2013). Na przełomie dekad czeska branża gier znana była jednak przede wszystkim z gier logicznych, takich jak Boovie (Future Games, 1998) oraz bezpłatnie dystrybuowanej Berušky (AnacreoN, 1999) i Fish Fillets (Altar Interactive, 1999).