Czeska branża na początku XXI wieku Gry niezależne mały|Jakub Dvorský, współzałożyciel Amanity Design Na początku XXI wieku rozkwit przeżyły czeskie gry niezależne. W 2003 roku Jakub Dvorský opublikował bezpłatną grę , której ogromne powodzenie w Internecie umożliwiło powstanie kontynuacji: Samorost 2 (2005) i Samorost 3 (2016), już w ramach studia Amanita Design. W trylogii , a także w Machinarium (2009) Dvorskiego, Botaniculi (2012) i Chuchelu (2018) Jaromíra Plachiego oraz (2020) Radima Jurdy, zachowano charakterystyczny styl oparty na technice kolażu. Uznanie zdobyła też wyprodukowana przez RakeInGrass strzelanka Jets’n’Guns (2004) Františka Chmelařa i Jiříego Procházki, znana z wyśrubowanego poziomu trudności i hołdu dla klasycznych przedstawicieli gatunku.
Na znaczeniu zyskała także działalność w zakresie gier edukacyjnych. Z uznaniem spotkała się gra Attentat 1942 (2017) w reżyserii groznawcy Vita Šislera, reportażowa gra przygodowa o śledztwie w sprawie okoliczności zamachu na protektora Czech i Moraw Reinharda Heydricha podczas II wojny światowej. Attentat 1942 łączył zagadki logiczne z sekwencjami wideo, w których gracz musiał rozważnie dobierać pytania kierowane do świadków zdarzeń.