W czasie II wojny światowej oraz krótko po niej w kaplicy spoczywały prochy płocczan pomordowanych w hitlerowskich obozach koncentracyjnych, które udało się zdobyć rodzinom zamordowanych. 5 października 1947 r. staraniem Płockiego Koła Polskiego Związku byłych Więźniów Politycznych Więzień Hitlerowskich i Obozów Koncentracyjnych doczesne prochy więźniów obozów zostały uroczyście przeniesione i złożone w bazylice katedralnej w Płocku w Kaplicy św. RodzinyMilke Andrzej, Działalność Polskiego Związku byłych Więźniów Politycznych hitlerowskich więzień i Obozów koncentracyjnych w Płocku w latach 1946-1949, Notatki Płockie 34/1-138, s. 35..
14 września 2014 r. z inicjatywy Zbigniewa Chlewińskiego oraz Stowarzyszenia Rodzina Ponarska w kaplicy nastąpiło uroczyste odsłonięcie i poświęcenie tzw. tablicy ponarskiej upamiętniającej Polaków zamordowanych w latach 1941–1944 przez hitlerowskich okupantów w Ponarach na Wileńszczyźnie.