W 2022 roku żona jednego z rosyjskich żołnierzy złożyła skargę do prokuratury wojskowej na Łapina. Według niej generał miał przyłożyć jej mężowi pistolet do głowy, za to, że ten wycofał się z linii frontu po utracie kontaktu z dowództwem.
29 października 2022 roku Łapin został odwołany ze stanowiska dowódcy Centralnego Okręgu Wojskowego. 10 stycznia 2023 roku rosyjskie media podały, że Łapin został mianowany szefem sztabu Wojsk Lądowych Federacji Rosyjskiej.
W maju 2023 roku Łapin został wyznaczony do zwalczenia antyputinowskich formacji zbrojnych, które przeprowadziły rajd na obwód biełgorodzki.
W marcu 2024 roku stanął na czele przywróconego po 14 latach Leningradzkiego Okręgu Wojskowego.
Był obwiniany za sukcesy Ukraińców w trakcie wkroczenia wojsk ukraińskich do obwodu kurskiego w sierpniu 2024 roku.
Za udział w inwazji na Ukrainę i naruszenie jej integralności terytorialnej generał Aleksandr Łapin od 2022 roku jest objęty sankcjami ze strony Australii, Kanady, Nowej Zelandii i Wielkiej Brytanii.