Wskutek tych działań w sierpniu 2023 roku na Dżaryłgaczu wybuchł pożar, który strawił większość terenów chronionych z siedliskami rzadkich gatunków roślin i zwierząt, w tym wpisanych do Czerwonej Księgi Ukrainy.
Flora thumb|left|Modrak morski na terenie parku (2014) Flora Dżaryłgaczu reprezentowana jest przez psammofity, rośliny stepowe, łąkowe i bagienne oraz halofity porastające słone jeziora i bagna, sołońca oraz sołonczaki. Na wyspie występuje 499 gatunków roślin naczyniowych, 52 gatunki grzybów, 26 gatunków porostów oraz 5 gatunków mchów. Wysoki jest wskaźnik endemizmu; 54 gatunki roślin (10,82% całej flory) występują tylko na tym obszarze. W parku narodowym występują też rośliny synantropijne, m.in. tamaryszek rozgałęziony, oliwnik wąskolistny, , topola czarna i topola biała oraz robinia akacjowa.
Chronionymi gatunkami roślin, figurującymi w Czerwonej Księdze Ukrainy, są m.in. chaber , goździk , storczyk cuchnący, storczyk błotny, storczyk samczy, modrak morski, ostnica włosowata, ostnica piaskowa, kruszczyk błotny, , kłoć wiechowata i .