25 sierpnia 1939 została aresztowana przez niemiecką policję i osadzona w więzieniu w Złotowie. Po krótkim śledztwie została zwolniona, jednak otrzymała zakaz przebywania na terenach graniczących z Polską. W rezultacie przeniosła się do Berlina, gdzie zamierzała podjąć pracę nauczycielską i angażować się w działalność społeczną wśród Polaków. Nawiązała kontakt z działaczami i działaczkami polskimi, w tym z Jadwigą Neuman, Stefanią Przybył, Heleną Maćkowiak i Edmundem Nawrockim. Skontaktowała się z polską organizacją konspiracyjną. Podjęła pracę w niemieckim Krajowym Biurze Kontroli Listów podległym naczelnemu dowództwu Wehrmachtu. Biuro to kontrolowało korespondencję Polaków i robotników przymusowych, a w przypadku wykrycia treści antyhitlerowskich lub antyniemieckich miało obowiązek zgłaszania ich do gestapo. Maria Gąszczak niszczyła takie listy. Działała „jako żołnierz komórki wywiad. dalekiego zasięgu W d-67 Oddz. Inform-Wywiad. KG ZWZ-AK, kontaktowała się także z wywiadem angielskim”.
Została aresztowana jesienią 1942. W 1943 osądził ją Volksgericht. Została skazana na karę śmierci przez ścięcie gilotyną, a wyrok wykonano 28 września 1943 o godzinie 18.06 na dziedzińcu więzienia w Plötzensee.