Patomorfologia Perlak złożony jest ze złuszczonych warstw nabłonka wielowarstwowego płaskiego rogowaciejącego, które ułożone są warstwowo, przesycone są one kryształkami cholesterolu oraz keratyny. Jest on otoczony torebką, która nazywana jest macierzą perlaka (łac. matrix cholesteatomatis), która złożona jest z bogato unaczynionej ziarniny zapalnej. Występują w niej liczne mediatory stanu zapalnego, w tym enzymy osteolityczne, które mogą prowadzić do demineralizacji a następnie do rozpuszczania kości. Macierz perlaka produkuje także nowe warstwy naskórka, które powodują powiększanie się kuli perlakowej. Perlak ma kruchą, jedwabistą konsystencję i jest barwy perłowo-szarej (stąd nazwa).
Masy złuszczającego się nabłonka są bardzo dobrą pożywką dla rozwoju bakterii i często ropieją powodując przewlekle pojawianie się cuchnących wycieków z przewodu słuchowego zewnętrznego. Wzrasta w sposób rozprężający zajmując wszystkie napotkane po drodze przestrzenie anatomiczne. Następnie wnika on w głąb kanałów Haversa i powoduje osteolizę często w pobliżu ważnych struktur jak kanał nerwu twarzowego co doprowadzić może wtórnie do niedowładu nerwu twarzowego. Może penetrować on także w kierunku błędnika, będąc przyczyną jego zapalenia. Perlak na skutek resorpcji kości może także wrastać do jamy czaszki.