W XX wieku w niektórych pracach, a także książkach (1. tom Handbook of the Birds of the World (HBW) i HANZAB) pingwin długoczuby był uznawany za podgatunek pingwina skalnego (E. chrysocome) jako E.c. moseleyi. Jednakże już w HBW wspomniano, że inne terminy okresu lęgowego i długie czuby z piór na głowie mogą wskazywać na odrębność tego ptaka. Współczesne dane molekularne sugerują wyodrębnienie pingwina długoczubego od pingwina skalnego, co jest także popierane cechami morfologicznymi i jego odrębną ekologią prawdopodobnie związaną z temperaturą wód wokół wysp południowych Atlantyku i Oceanu Indyjskiego.
Odrębność pokrewnego pingwina różowodziobego jest sporna – niektórzy traktują go jako podgatunek p. skalnego jako E. c. filhoi, podczas gdy inni uznają go za odrębny gatunek E. filhoi podobnie jak E. moseleyi.
Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny (IOC) uznaje pingwina długoczubego za przedstawiciela rodzaju Eudyptes i gatunek monotypowy.
Etymologia Eudyptes – eu „dobry”; δυτης dutēs „nurek”, od δυω duō „nurkować”, moseleyi – prof.