W tym czasie Manara zilustrował też album zatytułowany Aphrodite, będący adaptacją erotycznej noweli Pierre’a Louÿsa.
Jednymi z najnowszych prac Manary są albumy Złoty Osioł (1999), Rewolucja (2000) i Ucieczka z Piranesi (2002). Pierwszy z nich jest adaptacją tekstu z II wieku, stworzonego przez rzymskiego pisarza Apulejusza, drugi to przewrotna satyra na „nowy Olimp”, na którym urzędują ludzie z branży telewizyjnej, oderwani od otaczającej rzeczywistości, trzeci natomiast to komiks SF z elementami erotyki.
W latach 2004–2010 pracował nad serią historyczno-erotyczną Borgia o rzymskiej rodzinie arystokratów i papieży Borgiów (autorem scenariusza jest Alejandro Jodorowsky).
Obrazu twórczości artysty dopełniają liczne artbooki, jak np. „Women of Manara”, portfolia, takie jak „Dolomites Encantedes” czy „Letters from a Portuguese nun”, a także działalność w branży reklamowej (reklama Chanel nr 5 z Czerwonym Kapturkiem) i rozrywkowej (okładki do płyt). Stworzył nawet swoją autorską talię kart do tarota.
Twórczość (wytłuszczone tytuły ukazały się po polsku)