Po wybuchu insurekcji 1794 wziął dymisję i jako szeregowy ochotnik przyłączył się do powstania. Uczestnik insurekcji kościuszkowskiej 1794 jako generał major i dowódca dywizji. Pod Szczekocinami uratował życie Tadeuszowi Kościuszce. Walczył w obronie Warszawy, w trakcie czego został ranny 26 sierpnia 1794 r. Tego samego dnia zmarła na gruźlicę jego ukochana – Julia Potocka (ur. 1766), żona Jana Potockiego. Eustachego i Julię łączył głośny w kręgach arystokratycznych romans.
W 1812 r. był generałem brygady w sztabie Napoleona Bonaparte i tytularnym adiutantem cesarza, wiceregimentarzem pospolitego ruszenia Księstwa Warszawskiego. Brał udział w wyprawie na Moskwę. W 1813 r. został generałem dywizji, jednak odmówił udziału w ostatniej kampanii ks. Józefa Poniatowskiego i wycofał się z wojska, co spotkało się z ostrym potępieniem ze strony księcia Poniatowskiego. Jego odmowa była związana z ryzykiem utraty dóbr rodzinnych na Wołyniu w zaborze rosyjskim, w których ostatecznie osiadł po wojnach napoleońskich.
Odznaczony Krzyżem Kawalerskim Virtuti Militari, Krzyżem Kawalerskim Legii Honorowej. Był członkiem loży wolnomularskiej Bracia Zjednoczeni w 1820 rokuStanisław Małachowski-Łempicki, Wykaz polskich lóż wolnomularskich oraz ich członków w latach 1738–1821, w: Archiwum Komisji Historycznej, t. XIV, Kraków 1930, s.