U pacjentów otrzymujących metaksalon występowały dolegliwości dermatologiczne, w tym wysypka. Rzadko występowały reakcje rzekomoanafilaktyczne, leukopenia, niedokrwistość hemolityczna i żółtaczka. Można się również spotkać z nieprawidłowościami w badaniach czynności wątroby, takimi jak: zwiększone stężenie AspAT, AlAT, fosfatazy alkalicznej i bilirubiny w surowicy, a także zwiększonym zatrzymywaniem sulfobromoftaleiny (BSP) i zmętnieniem tymolu. Podczas procesu leczenia tymże lekiem rzadko występowały nefrotoksyczność i białkomocz (nie potwierdzono jednak bezpośredniego powiązania tych dolegliwości z zastosowaniem metaksalonu). Zgłaszano także ropomocz i kamicę nerkową. Nie zbadano wpływu substancji na organizmy dzieci i młodzieży poniżej 12 roku życia, zatem odradza się stosowanie terapii metaksalonem w tej grupie wiekowej. Należy zachować szczególną ostrożność przy stosowaniu leku w terapii osób w podeszłym wieku.
Metaksalon może upośledzać zdolność do wykonywania czynności wymagających skoncentrowania psychicznego lub fizycznego, np. obsługa maszyn lub prowadzenie pojazdu mechanicznego.