Jezioro Kortowskie określane jest jako leszczowe.
Geneza zbiornika jest odmiennie podawana przez różnych autorów. Braun (1903) zaliczył je do jezior moreny dennej, o czym (jego zdaniem) świadczy wyspa w północnej części zbiornika. Według Synowca (1965) Ploso Północne ma charakter rynny wyżłobionej przez wody topniejącego lodowca, Międzyplosie jest zbudowane z utworów fluwioglacjalnych rozmytych przez fale, a Ploso Południowe ma charakter wytopiskowy.
Kortowskie jest jeziorem przepływowym. Do zbiornika wpadają małe śródleśne strumienie: Potok Leśny, Potok Starodworski i Potok Parkowy oraz mała rzeczka Kortówka wypływająca z Jeziora Ukiel i łącząca Jezioro Kortowskie z rzeką Łyną. Brzegi jeziora są niskie, jedynie miejscami wysokie i strome.
Topograficzna zlewnia całkowita Jeziora Kortowskiego zajmuje powierzchnię 3 799,7 ha, a zlewnia bezpośrednia 102,1 ha.
Dominująca roślinność: moczarka kanadyjska (Elodea canadensis), trzcina pospolita (Phragmites australis), pałka wąskolistna (Typha angustifolia) i szerokolistna (T. latifolia), oczeret jeziorny (Schoenoplectus lacustris), manna mielec (Glyceria maxima), wywłócznik kłosowy (Myriophyllum spicatum), rogatek