Badania nad filogenezą tej grupy grzybów nadal trwają i ciągle następują zmiany w ich taksonomii.
Grzyby cerkosporoidalne należały do utworzonego przez Eliasa Friesa sztucznego taksonu Hyphomycetes, obejmującego gatunki grzybów, u których zaobserwowano tylko rozmnażanie bezpłciowe. Później zaliczano je do grupy grzybów niedoskonałych, zwanych też grzybami anamorficznymi, grzybami mitosporowymi lub Deuteromycota. Wszystkie te taksony obecnie są uznane za nieważne, a grzyby te zaliczane są głównie do typu workowców (Ascomycota), bardzo nieliczne do podstawczaków (Basidiomycota). W miarę badań mykologów u wielu z nich zdołano odkryć morfy rozmnażające się płciowo zwane teleomorfami, nadal jednak jest wiele gatunków, u których znane są tylko morfy rozmnażające się bezpłciowo zwane anamorfami. Zgodnie z obowiązującym Międzynarodowym kodeksem nomenklatury botanicznej, obejmującym również grzyby, obecnie gatunki grzybów cerkosporoidalnych traktowane są jako holomorfy, czyli nazwa gatunkowa obejmuje zarówno ich znaną anamorfę, jak i jeszcze nieznaną teleomorfę.